Zur Pfarrei Hohenfels gehörte von jeher auch der Edelsitz Raitenbuch und Hausraitenbuch. Einer dieses Geschlechtes, Konrad II., war 1167-1185 Bischof von Regensburg. Die dortige, wohl im 12. Jahrhundert erbaute Burgkapelle, ist dem Hl. Ägid geweiht.

Die Pfarrei Hohenfels erscheint als solche bereits in den Pfarreien-Verzeichnissen von 1286 und 1326. Nach J. B. Laßleben soll zu dieser Zeit, 1277, ein Pfarrer namens "Chunrat" (Konrad) in Hohenfels gewirkt haben.

Bereits 1438 amtieren in der ausgedehnten Pfarrei, die in etwa mit den Grenzen der Herrschaft zusammenfällt, ein Pfarrer, zwei Hilfspriester, ein Frühmesser und ein Kaplan in Raitenbuch. Das Frühmessbenefizium U. Lb. Frau hatte die Bürgerschaft von Hohenfels 1426 gestiftet; seit 1650 ist es mit der Pfarrpfründe vereint.

Anfang des 15. Jahrhunderts hatte die Bürgerschaft von Hohenfels zwei Kapellen errichtet; die eine zu Ehren der Mutter Gottes und der Vierzehn Nothelfer beim Friedhof, die andere außerhalb des Marktes zu Ehren des Hl. Sebastian. Leider ist uns von diesen frühen Zeugen des religiösen Lebens in der Pfarrei Hohenfels nichts mehr erhalten. Ebenfalls im Mittelalter entstanden die Kapellen St. Laurentius in Albertshofen und U. Lb. Frau zu "Euerenfeld".

Die Letzten des Geschlechts der Hohenfelser hatten kurz vor ihrem Aussterben "Feste und Städtchen Hohenfels" 1375 für 12000 Gulden an Pfalzgraf Ruprecht I. von der Pfalz verkauft. Mit der übrigen Kur-Oberpfalz musste deshalb auch die Herrschaft und Pfarrei Hohenfels, gemäß dem Grundsatz "cuius regio eius religio" 1538 den Glaubenswechsel mitmachen; das Benefizium wurde eingezogen, die katholische Kircheneinrichtung aus dem Mittelalter größtenteils beseitigt.

Von 1582 an, also noch in der Zeit des Protestantismus, beginnen die Hohenfelser Pfarrmatrikeln (Tauf-, Trauungs- und Sterbebücher). Nach der relativ kurzen Zeit des Protestantismus (1538-1625) wurde die Pfarrei Hohenfels durch Kurfürst Maximilian I. von Bayern wieder dem katholischen Glauben zugeführt. Schon während der Schwedenkriege gab es hier wieder -einen katholischen Pfarrer namens Sebastian Bachmeier (1625-1637), der am 13.11.1625 das erste Kind wieder katholisch taufte.

1631 schenkte der Kurfürst seinem wackeren" Feldherrn Tilly zum Lohn für seine treuen Kriegsdienste unter anderem auch die Herrschaft Hohenfels. Was Hohenfels dem Tilly'schen Geschlecht zu verdanken hat, soll an anderer Stelle gewürdigt werden.

1652 wurde die Pfarrei Pfraundorf samt der Marianischen Wallfahrt Rech- berg mit Hohenfels vereinigt. Etwa 2 Jahrhunderte später, am I.Juli 1869, erhob sie der Regensburger Bischof Ignatius von Senestrey selbst zur Pfarrei, um die Seelsorge im weitverstreuten Oberpfraundorfer Gau und den be-nachbarten Orten zu erleichtern. Dann schlägt die Geburtsstunde unserer heutigen Pfarrkirche.

1716 lässt der Letzte des tyll. Geschlechts Ferdinand Lorenz Franz Xaver von Tilly die alte, bereits 1651 als ruinös bezeichnete Pfarrkirche einreißen und bis 1721 auf eigene Kosten von Grund auf neu erbauen und prächtig ausstatten. Ratgeber des Grafen waren der damalige Dekan Johann Michael Schnitter und sein Bruder Andreas Schnitter, der von 1686-1720 als Pfleger in Hohenfels fungierte.

1810 erhält die Pfarrei Zuwachs. Effenricht, das 1666 noch zu Duggendorf gehörte und Kleinmittersdorf werden aus Kallmünz hierher eingepfarrt. Am 1.10.1950 wird auf dem früheren Truppenübungsplatz Hohenfels-Nainhof eine selbständige Seelsorgestelle errichtet. Diese Expositur umfaßte insgesamt 13 Orte mit 971 Seelen aus der Pfarrei Hohenfels. Doch schon im Oktober 1951 musste dieses Gebiet für den heutigen Truppenübungsplatz Hohenfels von den dort seßhaft gewordenen Siedlern wieder geräumt werden. Damit hat das Pfarrgebiet Hohenfels bis zu diesem Zeitpunkt eine nicht geringe Einbuße erlitten. Das Präsentationsrecht (Besetzungsrecht) auf die Pfarrei Hohenfels besaß bis 1810 die Gutsherrschaft von Hohenfels, von wo es auf den Bayer. Staat kam, bei dem es bis heute verblieben ist.

Seit der Reformation gehören die ehemaligen politischen Gemeinden Hohenfels, Großbissendorf, Raitenbuch und Markstetten zur Pfarrei Hohenfels.